The data-driven guidelines detailed below for the quality control of next-generation sequencing (NGS) files were generated by comparing 47 quality features on 2000+ FastQ files manually labelled for quality. Guidelines have been generated for specific organisms and assays, and also for experimental conditions related to particular cell types or ChIP protein and antibody targets. Focus is given to the understanding of individual quality features and their effective combination.

Guideline Documents

Scientific publication (link to article): detailed motivations, methods, results and discussion.
Decision trees (link to PDF): methods summary and decision trees to classify NGS files by quality in a selection of data subsets
Interactive tables (below on this page): compare classification performance of the quality features in a selection of data subsets
Online interactive dashboard (external web site): compare values of the quality features in user-defined data subsets, including statistical test results on selected subsets

Data Subsets and Quality Features

Data: human, mouse, single-ended, paired-ended, RNA-seq (polyA+, total and small RNAs), ChIP-seq (transcription factor, histone and control), DNase-seq

Types of Quality Features

raw reads statistics from FastQC (RAW)
genome mapping statistics from Bowtie2 (MAP)
genomic localization of mapped reads (LOC)
TSS-relative localization of mapped reads (TSS)

Data subsets are defined by unique combinations of the following parameters:

Group 1 subsets: organism, run type, assay
Group 2 subsets: organism, run type, assay title
Group A subsets: organism, run type, assay title, biological sample
Group B subsets: organism, run type, assay title, ChIP protein target
Group C subsets: organism, run type, assay title, ChIP antibody target

Citations

Citing the scientific article and this web page:

Maximilian Sprang, Matteo Krüger, Miguel A Andrade-Navarro, Jean-Fred Fontaine
Statistical NGS quality control guidelines
Life Science Alliance Aug 2021, 4 (11) e202101113;
https://doi.org/10.26508/lsa.202101113

Our software to derive quality features and automatically classify NGS files by quality:

Albrecht, S., Sprang, M., Andrade-Navarro, M.A., Fontaine, J.F.
seqQscorer: automated quality control of next-generation sequencing data using machine learning.
Genome Biol 22, 75 (2021).
https://doi.org/10.1186/s13059-021-02294-2

Classification Performance of the Quality Features

Each table has 1 row per quality feature and 1 column per data subset. Performance is measured by area under ROC curve from 0.5 (random) to 1.0 (perfect classification)

Group 1 Subsets (High-Level)

Area under ROC curves for group 1 subsets in the NGS guidelines. The higher the area, the better the classification.

Feature	human__ChIP-seq__single-ended	human__RNA-seq__single-ended	mouse__ChIP-seq__single-ended	human__DNase-seq__paired-ended	human__ChIP-seq__paired-ended	mouse__DNase-seq__paired-ended
RAW_Basic_Statistics	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_quality	0.7019056913395	0.57270408163265	0.86611241850237	0.51470588235294	0.50354609929078	0.53571428571429
RAW_Per_tile_sequence_quality	0.50590557102226	0.50478316326531	0.54884070830601	0.66589773164168	0.55462501886223	0.59722222222222
RAW_Per_sequence_quality_scores	0.74444953193253	0.51084183673469	0.88150534315806	0.51470588235294	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_content	0.60375022141714	0.57142857142857	0.55503259905096	0.62745098039216	0.62494341330919	0.66666666666667
RAW_Per_sequence_GC_content	0.60448716449037	0.57366071428571	0.77863508352301	0.73529411764706	0.52029575977064	0.67318594104308
RAW_Per_base_N_content	0.7330611712883	0.51785714285714	0.84664943482119	0.51465782391388	0.50709219858156	0.5
RAW_Sequence_Length_Distribution	0.50274223034735	0.52678571428571	0.55590062111801	0.5	0.60283687943262	0.5
RAW_Sequence_Duplication_Levels	0.50573846374942	0.6438137755102	0.5156243972069	0.67728758169935	0.5002514964036	0.61422902494331
RAW_Overrepresented_sequences	0.67950997463312	0.69116709183673	0.89383125651017	0.68084390618993	0.50513052663347	0.59608843537415
RAW_Adapter_Content	0.51095889495303	0.6500318877551	0.50310559006211	0.76792579777009	0.52836879432624	0.54166666666667
RAW_Kmer_Content	0.54643409790481	0.52678571428571	0.56051078276301	0.5	0.51564307630401	0.5
MAP_SE_no_mapping	0.72575858346507	0.75095663265306	0.9414567339223
MAP_SE_uniquely	0.73348562376132	0.55994897959184	0.94465877088075
MAP_SE_multiple	0.70512751955991	0.78316326530612	0.8724393349022
MAP_SE_overall	0.72575858346507	0.75095663265306	0.9414567339223
MAP_MI_no_mapping	0.72575858346507	0.75095663265306	0.9414567339223	0.79575163398693	0.61619133846386	0.74716553287982
MAP_MI_uniquely	0.73348562376132	0.55994897959184	0.94465877088075	0.75860246059208	0.66646546954379	0.7624716553288
MAP_MI_multiple	0.70512751955991	0.78316326530612	0.8724393349022	0.79219530949635	0.64956491122177	0.5890022675737
MAP_MI_overall	0.72575858346507	0.75095663265306	0.9414567339223	0.81146674356017	0.6475277903526	0.74178004535147
MAP_PE_con_no_mapping				0.79575163398693	0.61619133846386	0.74716553287982
MAP_PE_con_uniquely				0.75860246059208	0.66646546954379	0.7624716553288
MAP_PE_con_multiple				0.79219530949635	0.64956491122177	0.5890022675737
MAP_PE_dis_uniquely				0.67541330257593	0.59629797293899	0.61507936507937
MAP_PE_cod_no_mapping				0.7873414071511	0.54607414113978	0.58446712018141
MAP_PE_cod_uniquely				0.81905997693195	0.67041396308033	0.61111111111111
MAP_PE_cod_multiple				0.73539023452518	0.5595040490921	0.59467120181406
MAP_PE_overall				0.81146674356017	0.6475277903526	0.74178004535147
LOC_Promoter	0.53537828073353	0.72576530612245	0.57528644728213	0.77306805074971	0.6159146924199	0.96315192743764
LOC_5_UTR	0.56814801693799	0.58322704081633	0.5134061185911	0.73510188389081	0.61455661184045	0.92687074829932
LOC_3_UTR	0.5565206928936	0.7171556122449	0.57169862273832	0.54094579008074	0.70162466676727	0.7046485260771
LOC_1st_Exon	0.58814741535181	0.50829081632653	0.51402337872767	0.70895809304114	0.60097580604597	0.8656462585034
LOC_Other_Exon	0.63430912840189	0.53635204081633	0.72886848501215	0.64753940792003	0.65685830692621	0.83786848072562
LOC_1st_Intron	0.57647998556193	0.50191326530612	0.5399868832221	0.57170319108035	0.60751471253961	0.84580498866213
LOC_Other_Intron	0.53675858680721	0.7219387755102	0.59060221442074	0.73750480584391	0.56139027211911	0.79818594104308
LOC_Downstream	0.55265383060002	0.67442602040816	0.52104471278114	0.67781622452903	0.6721995875459	0.74659863945578
LOC_Distal_Intergenic	0.58564080625917	0.66932397959184	0.56417576482389	0.72606689734717	0.63392183491776	0.97108843537415
TSS_-4500	0.52632273761819	0.55229591836735	0.50088731144632	0.58073817762399	0.7360545244203	0.56349206349206
TSS_-3500	0.51499453559218	0.640625	0.57860422051618	0.55810265282584	0.73077309994467	0.5391156462585
TSS_-2500	0.50324689431133	0.67857142857143	0.50810153929247	0.51850249903883	0.72373120064383	0.61904761904762
TSS_-1500	0.56970879886634	0.60809948979592	0.54754831989507	0.60351787773933	0.66181278607716	0.79365079365079
TSS_-500	0.53034500967551	0.5484693877551	0.59058292504147	0.79209919261822	0.66903073286052	0.94784580498866
TSS_+500	0.53582947037021	0.57079081632653	0.50279695999383	0.77210688196847	0.65871938031286	0.87471655328798
TSS_+1500	0.57460671303336	0.79783163265306	0.53747926391729	0.70511341791619	0.65429304360948	0.83786848072562
TSS_+2500	0.59327593755535	0.6061862244898	0.52206704988233	0.53883121876201	0.66674211558775	0.7375283446712
TSS_+3500	0.53676527109813	0.55213647959184	0.53753713205509	0.52729719338716	0.70441627684724	0.71003401360544
TSS_+4500	0.51321651420913	0.64413265306122	0.56635546468115	0.54224336793541	0.72109048840602	0.69387755102041

Group 2 Subsets (High-Level)

Area under ROC curves for group 2 subsets in the NGS guidelines. The higher the area, the better the classification.

Feature	human__Control ChIP-seq__single-ended	human__Histone ChIP-seq__single-ended	human__TF ChIP-seq__single-ended	human__polyA plus RNA-seq__single-ended	human__small RNA-seq__single-ended	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended	mouse__TF ChIP-seq__single-ended	mouse__Control ChIP-seq__single-ended	human__DNase-seq__paired-ended	human__TF ChIP-seq__paired-ended	human__Control ChIP-seq__paired-ended	mouse__DNase-seq__paired-ended	human__Histone ChIP-seq__paired-ended
RAW_Basic_Statistics	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_quality	0.84952766531714	0.50920151626315	0.73178312799774	0.54499494438827	0.57438016528926	0.78491436100132	0.86282248748556	0.87605042016807	0.51470588235294	0.5	0.5	0.53571428571429	0.51388888888889
RAW_Per_tile_sequence_quality	0.51518218623482	0.50067253607239	0.51674503902944	0.55915065722952	0.58264462809917	0.56851119894598	0.53686946476704	0.56582633053221	0.66589773164168	0.61340206185567	0.58547008547009	0.59722222222222	0.57777777777778
RAW_Per_sequence_quality_scores	0.83333333333333	0.52723771093177	0.78165616477006	0.54347826086957	0.5702479338843	0.77733860342556	0.91740469772815	0.88795518207283	0.51470588235294	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_content	0.63950742240216	0.51418439716312	0.57904636508981	0.57280080889788	0.5	0.51515151515152	0.53735078937235	0.60504201680672	0.62745098039216	0.64988545246277	0.50512820512821	0.66666666666667	0.65
RAW_Per_sequence_GC_content	0.6745951417004	0.63872584984104	0.56059907834101	0.67896865520728	0.51515151515152	0.75197628458498	0.81911821332307	0.6687675070028	0.73529411764706	0.5106529209622	0.53162393162393	0.67318594104308	0.62777777777778
RAW_Per_base_N_content	0.82709176788124	0.56716189777452	0.76393303865325	0.54196157735086	0.51515151515152	0.72694334650856	0.9234693877551	0.78641456582633	0.51465782391388	0.50515463917526	0.5	0.5	0.6
RAW_Sequence_Length_Distribution	0.51484480431849	0.5030875519687	0.50345622119816	0.56521739130435	0.5	0.59848484848485	0.5	0.55952380952381	0.5	0.65555555555556	0.52564102564103	0.5	0.54166666666667
RAW_Sequence_Duplication_Levels	0.52091767881242	0.51776106627537	0.53176431863068	0.88119312436805	0.5	0.50065876152833	0.53099730458221	0.55812324929972	0.67728758169935	0.50910652920962	0.56666666666667	0.61422902494331	0.5
RAW_Overrepresented_sequences	0.78171390013495	0.52552580092932	0.66794883852158	0.60111223458038	0.56060606060606	0.82361660079051	0.92144782441278	0.88655462184874	0.68084390618993	0.53161512027491	0.62820512820513	0.59608843537415	0.58333333333333
RAW_Adapter_Content	0.51315789473684	0.50531914893617	0.51604909244804	0.64509605662285	0.89393939393939	0.5	0.50510204081633	0.5	0.76792579777009	0.55	0.51282051282051	0.54166666666667	0.5
RAW_Kmer_Content	0.57085020242915	0.58052090975789	0.51633593529578	0.56521739130435	0.59090909090909	0.65727931488801	0.55824027724297	0.51540616246499	0.5	0.50950744558992	0.59230769230769	0.5	0.63888888888889
MAP_SE_no_mapping	0.79622132253711	0.50813157251162	0.73335841248942	0.74317492416582	0.57300275482094	0.89163372859025	0.95687331536388	0.96778711484594
MAP_SE_uniquely	0.77665317139001	0.54927855221326	0.739984012038	0.79676440849343	0.60330578512397	0.91386693017128	0.95831728917982	0.97619047619048
MAP_SE_multiple	0.84092442645074	0.57159452188799	0.75034327094893	0.97977755308392	0.56473829201102	0.70289855072464	0.92626107046592	0.89355742296919
MAP_SE_overall	0.79622132253711	0.50813157251162	0.73335841248942	0.74317492416582	0.57300275482094	0.89163372859025	0.95687331536388	0.96778711484594
MAP_MI_no_mapping	0.79622132253711	0.50813157251162	0.73335841248942	0.74317492416582	0.57300275482094	0.89163372859025	0.95687331536388	0.96778711484594	0.79575163398693	0.64100801832761	0.63076923076923	0.74716553287982	0.55
MAP_MI_uniquely	0.77665317139001	0.54927855221326	0.739984012038	0.79676440849343	0.60330578512397	0.91386693017128	0.95831728917982	0.97619047619048	0.75860246059208	0.69272623138603	0.73504273504273	0.7624716553288	0.53333333333333
MAP_MI_multiple	0.84092442645074	0.57159452188799	0.75034327094893	0.97977755308392	0.56473829201102	0.70289855072464	0.92626107046592	0.89355742296919	0.79219530949635	0.67846506300115	0.67521367521368	0.5890022675737	0.78888888888889
MAP_MI_overall	0.79622132253711	0.50813157251162	0.73335841248942	0.74317492416582	0.57300275482094	0.89163372859025	0.95687331536388	0.96778711484594	0.81146674356017	0.63487972508591	0.6974358974359	0.74178004535147	0.80833333333333
MAP_PE_con_no_mapping									0.79575163398693	0.64100801832761	0.63076923076923	0.74716553287982	0.55
MAP_PE_con_uniquely									0.75860246059208	0.69272623138603	0.73504273504273	0.7624716553288	0.53333333333333
MAP_PE_con_multiple									0.79219530949635	0.67846506300115	0.67521367521368	0.5890022675737	0.78888888888889
MAP_PE_dis_uniquely									0.67541330257593	0.54885452462772	0.8017094017094	0.61507936507937	0.88888888888889
MAP_PE_cod_no_mapping									0.7873414071511	0.52268041237113	0.62735042735043	0.58446712018141	0.65
MAP_PE_cod_uniquely									0.81905997693195	0.66838487972509	0.67863247863248	0.61111111111111	0.71666666666667
MAP_PE_cod_multiple									0.73539023452518	0.60137457044674	0.53333333333333	0.59467120181406	0.65555555555556
MAP_PE_overall									0.81146674356017	0.63487972508591	0.6974358974359	0.74178004535147	0.80833333333333
LOC_Promoter	0.57085020242915	0.70756908779653	0.58676761026991	0.70070778564206	0.57575757575758	0.59914361001318	0.57816711590296	0.67927170868347	0.77306805074971	0.71821305841924	0.56239316239316	0.96315192743764	0.66111111111111
LOC_5_UTR	0.53542510121457	0.71545610173637	0.60202200695947	0.84024266936299	0.64738292011019	0.65843214756258	0.54062379668849	0.57002801120448	0.73510188389081	0.69931271477663	0.61709401709402	0.92687074829932	0.65
LOC_3_UTR	0.54419703103914	0.55606505258009	0.65689833537101	0.51971688574317	0.79338842975207	0.64130434782609	0.62706969580285	0.53361344537815	0.54094579008074	0.73035509736541	0.70940170940171	0.7046485260771	0.85
LOC_1st_Exon	0.5138326585695	0.71698459280998	0.62829869274899	0.60364004044489	0.6198347107438	0.66139657444005	0.54485945321525	0.61484593837535	0.70895809304114	0.6836197021764	0.57435897435897	0.8656462585034	0.66111111111111
LOC_Other_Exon	0.54352226720648	0.67247493274639	0.67229380231355	0.90192113245703	0.66115702479339	0.78590250329381	0.70504428186369	0.73809523809524	0.64753940792003	0.64925544100802	0.68376068376068	0.83786848072562	0.9
LOC_1st_Intron	0.54824561403509	0.73434825140621	0.52223267187059	0.57431749241658	0.56749311294766	0.62615283267457	0.52271852137081	0.53781512605042	0.57170319108035	0.70229095074456	0.53162393162393	0.84580498866213	0.81111111111111
LOC_Other_Intron	0.52597840755735	0.57636341403766	0.59143233330198	0.63902932254803	0.71900826446281	0.54940711462451	0.68559876780901	0.54201680672269	0.73750480584391	0.52691867124857	0.51452991452991	0.79818594104308	0.72222222222222
LOC_Downstream	0.59278002699055	0.57599657618	0.61990031035456	0.62386248736097	0.71625344352617	0.62252964426877	0.60184828648441	0.56162464985994	0.67781622452903	0.70561282932417	0.54529914529915	0.74659863945578	0.63888888888889
LOC_Distal_Intergenic	0.51990553306343	0.73049645390071	0.59689645443431	0.8685540950455	0.60330578512397	0.70849802371542	0.53273007316134	0.50980392156863	0.72606689734717	0.73138602520046	0.50769230769231	0.97108843537415	0.77777777777778
TSS_-4500	0.58771929824561	0.55588163365126	0.59518950437318	0.71688574317492	0.71074380165289	0.57032279314888	0.54851752021563	0.54761904761905	0.58073817762399	0.75366552119129	0.71709401709402	0.56349206349206	0.96666666666667
TSS_-3500	0.59109311740891	0.5407495720225	0.60035267563246	0.64812942366026	0.82093663911846	0.61561264822134	0.62090874085483	0.71148459383754	0.55810265282584	0.74392898052692	0.6957264957265	0.5391156462585	0.97777777777778
TSS_-2500	0.57894736842105	0.50265957446809	0.60321640176808	0.6046511627907	0.70798898071625	0.58234519104084	0.54611089718906	0.53361344537815	0.51850249903883	0.74759450171821	0.67008547008547	0.61904761904762	0.96111111111111
TSS_-1500	0.56747638326586	0.67021276595745	0.61450202200696	0.50758341759353	0.58126721763085	0.59420289855072	0.5305159799769	0.63305322128852	0.60351787773933	0.75229095074456	0.61709401709402	0.79365079365079	0.75
TSS_-500	0.57354925775978	0.67651014918073	0.59013918931628	0.82305358948433	0.71074380165289	0.57279314888011	0.56391990758568	0.703081232493	0.79209919261822	0.74639175257732	0.64786324786325	0.94784580498866	0.65555555555556
TSS_+500	0.56545209176788	0.68344949865493	0.58061224489796	0.8432760364004	0.68044077134986	0.55797101449275	0.54254909510974	0.5672268907563	0.77210688196847	0.73092783505155	0.64615384615385	0.87471655328798	0.65
TSS_+1500	0.55937921727395	0.71900220102715	0.60273676290793	0.78361981799798	0.84022038567493	0.60935441370224	0.59626492106276	0.67226890756303	0.70511341791619	0.74352806414662	0.61025641025641	0.83786848072562	0.7
TSS_+2500	0.56140350877193	0.69338469063341	0.61919495908963	0.7098078867543	0.71349862258953	0.616930171278	0.53946861763573	0.73109243697479	0.53883121876201	0.72920962199313	0.67179487179487	0.7375283446712	0.82222222222222
TSS_+3500	0.5581983805668	0.56862924920518	0.61455374776639	0.77300303336704	0.71074380165289	0.69104084321476	0.50673854447439	0.52310924369748	0.52729719338716	0.73339060710195	0.64957264957265	0.71003401360544	0.97222222222222
TSS_+4500	0.57928475033738	0.50938493519198	0.6023229568325	0.64509605662285	0.74931129476584	0.66551383399209	0.59039276087794	0.51050420168067	0.54224336793541	0.72932416953036	0.65470085470085	0.69387755102041	0.98333333333333

Group A Subsets (Biological Sample Specificity)

Area under ROC curves for group A subsets in the NGS guidelines. The higher the area, the better the classification.

Feature	human__TF ChIP-seq__single-ended__H1	human__TF ChIP-seq__single-ended__HeLa-S3	human__TF ChIP-seq__single-ended__HepG2	human__TF ChIP-seq__single-ended__K562	human__polyA plus RNA-seq__single-ended__GM12878	human__TF ChIP-seq__single-ended__A549	human__TF ChIP-seq__single-ended__GM12878	human__Control ChIP-seq__single-ended__GM12878	human__TF ChIP-seq__single-ended__MCF-7	human__TF ChIP-seq__single-ended__SK-N-SH	human__Histone ChIP-seq__single-ended__MCF-7	human__Control ChIP-seq__single-ended__HepG2	human__TF ChIP-seq__single-ended__IMR-90	human__TF ChIP-seq__single-ended__MCF_10A	mouse__TF ChIP-seq__single-ended__MEL_cell_line	mouse__Control ChIP-seq__single-ended__MEL_cell_line	mouse__TF ChIP-seq__single-ended__CH12.LX	human__TF ChIP-seq__paired-ended__HepG2	human__TF ChIP-seq__paired-ended__K562	human__TF ChIP-seq__paired-ended__MCF-7	human__TF ChIP-seq__paired-ended__GM12878	human__DNase-seq__paired-ended__transverse_colon	human__DNase-seq__paired-ended__thyroid_gland	human__TF ChIP-seq__paired-ended__HEK293	human__Histone ChIP-seq__single-ended__gastrocnemius_medialis	human__DNase-seq__paired-ended__body_of_pancreas	mouse__DNase-seq__paired-ended__limb	mouse__DNase-seq__paired-ended__hindbrain	mouse__DNase-seq__paired-ended__midbrain	human__DNase-seq__paired-ended__limb	human__Control ChIP-seq__paired-ended__PC-9	human__DNase-seq__paired-ended__neural_progenitor_cell
RAW_Basic_Statistics	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_quality	0.72715894868586	0.68253968253968	0.58766233766234	0.6984697640118	0.94444444444444	0.65	0.6484375	0.83333333333333	0.81818181818182	1	0.80357142857143	1	1	0.8375	0.95530303030303	0.95454545454545	0.88461538461538	0.5	0.5	0.5	0.5	0.55	0.52083333333333	0.5	0.5	0.53846153846154	0.53846153846154	0.5	0.625	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_tile_sequence_quality	0.51439299123905	0.50297619047619	0.51839826839827	0.52645648967552	0.75	0.53392857142857	0.55790441176471	0.625	0.71212121212121	0.56640625	0.58928571428571	0.83333333333333	0.690625	0.6625	0.64090909090909	0.53535353535354	0.56787330316742	0.6	0.78048780487805	0.81818181818182	0.71590909090909	0.78333333333333	0.97916666666667	0.61803713527851	0.5	0.85714285714286	0.52197802197802	0.59090909090909	0.6	0.78125	0.66666666666667	0.5
RAW_Per_sequence_quality_scores	0.74718397997497	0.76984126984127	0.67532467532468	0.70298672566372	0.75	0.725	0.85294117647059	0.83333333333333	0.81818181818182	1	0.92857142857143	1	1	0.9	0.94393939393939	0.95454545454545	1	0.5	0.5	0.5	0.5	0.55	0.52083333333333	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_content	0.52252816020025	0.6875	0.55681818181818	0.61227876106195	0.75	0.56071428571429	0.65165441176471	0.77083333333333	0.68181818181818	0.625	0.5	0.88888888888889	0.525	0.665625	0.5219696969697	0.56565656565657	0.57692307692308	0.5	0.60162601626016	0.59090909090909	0.625	0.85	0.9375	0.52519893899204	0.75	1	0.64285714285714	0.58080808080808	0.7	0.5625	0.77777777777778	0.5
RAW_Per_sequence_GC_content	0.52377972465582	0.59325396825397	0.71590909090909	0.5556784660767	0.55555555555556	0.52232142857143	0.63143382352941	0.58333333333333	0.52020202020202	0.5234375	0.75	1	0.825	0.7125	0.91666666666667	0.81818181818182	0.84954751131222	0.6	0.64227642276423	0.54545454545455	0.55681818181818	1	0.89583333333333	0.51657824933687	0.55	0.96153846153846	0.64835164835165	0.77777777777778	0.8	0.625	0.5	0.66666666666667
RAW_Per_base_N_content	0.7171464330413	0.82142857142857	0.70238095238095	0.74741887905605	0.61111111111111	0.68035714285714	0.76102941176471	0.77083333333333	0.72222222222222	1	0.64285714285714	1	1	1	0.97727272727273	0.81818181818182	1	0.5	0.51219512195122	0.5	0.5	0.55	0.52083333333333	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Sequence_Length_Distribution	0.5	0.5	0.52380952380952	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.55555555555556	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Sequence_Duplication_Levels	0.53504380475594	0.54365079365079	0.50541125541126	0.55420353982301	0.94444444444444	0.525	0.50183823529412	0.5	0.53535353535354	0.53125	0.625	0.5	0.6625	0.7625	0.54545454545455	0.63636363636364	0.57692307692308	0.5	0.53658536585366	0.54545454545455	0.5	0.58333333333333	0.77083333333333	0.5	0.7	0.80769230769231	0.56043956043956	0.70707070707071	0.875	0.578125	0.5	0.75
RAW_Overrepresented_sequences	0.66958698372966	0.76190476190476	0.6991341991342	0.6603982300885	0.55555555555556	0.59285714285714	0.61121323529412	1	0.75757575757576	0.875	0.91071428571429	1	0.9375	0.9	0.94242424242424	0.96969696969697	0.95701357466063	0.7	0.52439024390244	0.72727272727273	0.57954545454545	1	1	0.54774535809019	0.75	1	0.57142857142857	0.63636363636364	0.7	0.625	1	0.5
RAW_Adapter_Content	0.55882352941176	0.53571428571429	0.51190476190476	0.50442477876106	0.88888888888889	0.5	0.53125	0.5	0.5	0.5625	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	1	0.83333333333333	0.5	0.5	0.5	0.57142857142857	0.5	0.5	0.625	0.5	0.5
RAW_Kmer_Content	0.61764705882353	0.58333333333333	0.52435064935065	0.51502581120944	0.5	0.62232142857143	0.50091911764706	0.60416666666667	0.62121212121212	0.671875	0.85714285714286	0.5	0.55	0.55	0.58030303030303	0.61616161616162	0.58823529411765	0.6	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.675	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.61111111111111	0.5
MAP_SE_no_mapping	0.70463078848561	0.83531746031746	0.6017316017316	0.64509587020649	0.88888888888889	0.62232142857143	0.69117647058824	0.75	0.95959595959596	1	0.92857142857143	1	1	0.95625	0.99393939393939	1	1								0.55
MAP_SE_uniquely	0.66958698372966	0.8452380952381	0.59090909090909	0.64435840707965	0.5	0.62321428571429	0.70680147058824	0.95833333333333	0.84848484848485	1	1	1	1	0.94375	0.99545454545455	1	1								0.6
MAP_SE_multiple	0.84355444305382	0.79265873015873	0.64285714285714	0.68095501474926	0.88888888888889	0.67142857142857	0.78952205882353	0.75	0.97979797979798	1	0.85714285714286	1	1	0.9625	0.98181818181818	1	0.99547511312217								0.65
MAP_SE_overall	0.70463078848561	0.83531746031746	0.6017316017316	0.64509587020649	0.88888888888889	0.62232142857143	0.69117647058824	0.75	0.95959595959596	1	0.92857142857143	1	1	0.95625	0.99393939393939	1	1								0.55
MAP_MI_no_mapping	0.70463078848561	0.83531746031746	0.6017316017316	0.64509587020649	0.88888888888889	0.62232142857143	0.69117647058824	0.75	0.95959595959596	1	0.92857142857143	1	1	0.95625	0.99393939393939	1	1	0.76	0.75609756097561	0.68181818181818	0.90909090909091	1	1	0.67771883289125	0.55	1	0.63736263736264	0.97979797979798	1	0.71875	1	0.54166666666667
MAP_MI_uniquely	0.66958698372966	0.8452380952381	0.59090909090909	0.64435840707965	0.5	0.62321428571429	0.70680147058824	0.95833333333333	0.84848484848485	1	1	1	1	0.94375	0.99545454545455	1	1	0.72	0.84552845528455	0.72727272727273	0.75	1	1	0.60610079575597	0.6	0.97802197802198	0.63736263736264	0.97979797979798	1	0.6875	1	1
MAP_MI_multiple	0.84355444305382	0.79265873015873	0.64285714285714	0.68095501474926	0.88888888888889	0.67142857142857	0.78952205882353	0.75	0.97979797979798	1	0.85714285714286	1	1	0.9625	0.98181818181818	1	0.99547511312217	0.92	0.6260162601626	0.63636363636364	0.54545454545455	1	1	0.56233421750663	0.65	1	0.81318681318681	0.77272727272727	1	0.75	1	1
MAP_MI_overall	0.70463078848561	0.83531746031746	0.6017316017316	0.64509587020649	0.88888888888889	0.62232142857143	0.69117647058824	0.75	0.95959595959596	1	0.92857142857143	1	1	0.95625	0.99393939393939	1	1	1	0.85365853658537	0.77272727272727	0.84090909090909	1	1	0.70159151193634	0.55	1	0.54945054945055	0.97979797979798	1	0.75	1	0.5
LOC_Promoter	0.72715894868586	0.56547619047619	0.50541125541126	0.55014749262537	1	0.72678571428571	0.70863970588235	0.625	0.67676767676768	0.546875	0.78571428571429	0.61111111111111	0.7	0.575	0.63333333333333	0.71717171717172	0.58823529411765	0.56	0.5609756097561	0.77272727272727	0.68181818181818	1	0.83333333333333	0.54907161803714	0.8	0.64835164835165	0.85714285714286	0.95959595959596	1	1	0.88888888888889	0.66666666666667
LOC_5_UTR	0.64080100125156	0.55357142857143	0.53138528138528	0.51308997050147	1	0.67142857142857	0.74448529411765	0.5	0.71717171717172	0.609375	0.78571428571429	0.55555555555556	0.625	0.525	0.64393939393939	0.62626262626263	0.58823529411765	0.64	0.57723577235772	0.81818181818182	0.5	1	0.76666666666667	0.55835543766578	0.75	0.58241758241758	0.69230769230769	0.92929292929293	1	1	1	0.95833333333333
LOC_3_UTR	0.50938673341677	0.72619047619048	0.61796536796537	0.51198377581121	1	0.7125	0.85477941176471	0.75	0.82828282828283	0.65625	0.71428571428571	1	0.575	0.8	0.58030303030303	0.70707070707071	0.63122171945701	0.8	0.61788617886179	0.59090909090909	0.88636363636364	1	0.67916666666667	0.58355437665782	0.85	0.82417582417582	0.52747252747253	0.92929292929293	0.775	0.59375	1	1
LOC_1st_Exon	0.66708385481852	0.61904761904762	0.53679653679654	0.50239675516224	0.66666666666667	0.6625	0.80790441176471	0.5	0.72727272727273	0.609375	0.78571428571429	0.66666666666667	0.69375	0.53125	0.66515151515152	0.65656565656566	0.63348416289593	0.52	0.52845528455285	0.90909090909091	0.70454545454545	1	0.76666666666667	0.59151193633952	0.8	0.51648351648352	0.52747252747253	0.91919191919192	1	1	1	0.66666666666667
LOC_Other_Exon	0.59949937421777	0.77777777777778	0.51623376623377	0.55475663716814	1	0.69464285714286	0.84191176470588	0.66666666666667	0.72727272727273	0.6875	0.64285714285714	0.77777777777778	0.61875	0.68125	0.63030303030303	0.66666666666667	0.57692307692308	0.84	0.66666666666667	0.90909090909091	0.77272727272727	1	0.77083333333333	0.54111405835544	0.75	0.64835164835165	0.56043956043956	0.90909090909091	1	0.5625	1	0.875
LOC_1st_Intron	0.55819774718398	0.54761904761905	0.65909090909091	0.50239675516224	0.77777777777778	0.63214285714286	0.76654411764706	0.54166666666667	0.6969696969697	0.640625	1	1	0.6625	0.575	0.55	0.51515151515152	0.5316742081448	0.6	0.8780487804878	0.5	0.5	0.78333333333333	0.575	0.53183023872679	0.65	0.7032967032967	0.81318681318681	1	1	0.75	1	0.54166666666667
LOC_Other_Intron	0.68085106382979	0.50992063492063	0.52164502164502	0.54885693215339	0.55555555555556	0.60178571428571	0.60202205882353	0.54166666666667	0.68686868686869	0.5625	0.64285714285714	0.61111111111111	0.69375	0.53125	0.73181818181818	0.82828282828283	0.59276018099548	0.56	0.5609756097561	0.90909090909091	0.59090909090909	1	0.78333333333333	0.60477453580902	0.65	0.84615384615385	0.64835164835165	0.90909090909091	1	0.78125	1	0.66666666666667
LOC_Downstream	0.72215269086358	0.54166666666667	0.50865800865801	0.50829646017699	0.88888888888889	0.625	0.80698529411765	0.5	0.72727272727273	0.5859375	0.60714285714286	0.66666666666667	0.7	0.51875	0.55151515151515	0.53535353535354	0.62217194570136	0.52	0.54471544715447	0.90909090909091	0.72727272727273	1	0.77083333333333	0.57824933687003	0.6	0.6043956043956	0.71428571428571	0.78787878787879	1	0.9375	0.55555555555556	0.91666666666667
LOC_Distal_Intergenic	0.65707133917397	0.51984126984127	0.57900432900433	0.57540560471976	0.77777777777778	0.7625	0.78400735294118	0.54166666666667	0.75757575757576	0.7421875	0.78571428571429	0.77777777777778	0.60625	0.55	0.52575757575758	0.61616161616162	0.52488687782805	0.68	0.73170731707317	0.68181818181818	0.75	1	0.80833333333333	0.55039787798408	0.7	0.84615384615385	0.87912087912088	0.98989898989899	1	1	0.88888888888889	0.66666666666667
TSS_-4500	0.51689612015019	0.61309523809524	0.50108225108225	0.52700958702065	0.66666666666667	0.71785714285714	0.74770220588235	0.54166666666667	0.74747474747475	0.5234375	0.78571428571429	0.61111111111111	0.715625	0.60625	0.60227272727273	0.51515151515152	0.50678733031674	1	0.73983739837398	0.72727272727273	0.63636363636364	1	0.7125	0.53116710875332	0.75	0.69230769230769	0.7032967032967	0.51515151515152	1	0.625	1	1
TSS_-3500	0.50125156445557	0.64484126984127	0.52164502164502	0.52323008849558	0.55555555555556	0.68571428571429	0.79595588235294	0.625	0.74747474747475	0.5078125	0.71428571428571	0.55555555555556	0.69375	0.50625	0.7	0.6969696969697	0.6131221719457	0.88	0.72357723577236	0.77272727272727	0.72727272727273	1	0.75416666666667	0.52254641909814	0.7	0.6043956043956	0.74725274725275	0.66666666666667	0.95	0.625	1	1
TSS_-2500	0.54693366708385	0.57936507936508	0.50865800865801	0.51686946902655	1	0.68482142857143	0.81985294117647	0.58333333333333	0.76767676767677	0.515625	0.53571428571429	0.61111111111111	0.7375	0.5125	0.63181818181818	0.57575757575758	0.54977375565611	0.72	0.68292682926829	0.59090909090909	0.54545454545455	1	0.77083333333333	0.51724137931034	0.75	0.62637362637363	0.54945054945055	0.68686868686869	1	0.703125	1	1
TSS_-1500	0.62077596996245	0.58134920634921	0.53571428571429	0.53678097345133	0.77777777777778	0.71964285714286	0.80147058823529	0.5	0.75757575757576	0.5703125	0.67857142857143	0.61111111111111	0.7125	0.540625	0.50606060606061	0.63636363636364	0.5972850678733	0.52	0.73983739837398	0.86363636363636	0.68181818181818	1	0.79166666666667	0.57228116710875	0.7	0.58241758241758	0.57142857142857	0.75757575757576	1	1	1	1
TSS_-500	0.76095118898623	0.58333333333333	0.52380952380952	0.53244837758112	0.66666666666667	0.66964285714286	0.69301470588235	0.54166666666667	0.6969696969697	0.546875	0.78571428571429	0.55555555555556	0.69375	0.55	0.60454545454545	0.67676767676768	0.55429864253394	0.6	0.56910569105691	0.54545454545455	0.61363636363636	1	0.83333333333333	0.51856763925729	0.7	0.72527472527473	0.84615384615385	0.90909090909091	1	1	1	1
TSS_+500	0.70337922403004	0.5515873015873	0.53030303030303	0.53134218289086	0.77777777777778	0.68392857142857	0.72794117647059	0.54166666666667	0.68686868686869	0.546875	0.82142857142857	0.55555555555556	0.69375	0.50625	0.61060606060606	0.55555555555556	0.56108597285068	0.56	0.55284552845528	0.72727272727273	0.52272727272727	1	0.83333333333333	0.55172413793103	0.75	0.89010989010989	0.71428571428571	0.90909090909091	1	1	1	1
TSS_+1500	0.63829787234043	0.54365079365079	0.53679653679654	0.52405973451327	0.77777777777778	0.65535714285714	0.77941176470588	0.625	0.75757575757576	0.640625	0.78571428571429	0.5	0.6625	0.54375	0.58030303030303	0.68686868686869	0.61538461538462	0.56	0.66666666666667	0.90909090909091	0.52272727272727	1	0.76666666666667	0.57824933687003	0.65	0.51648351648352	0.52747252747253	0.72727272727273	1	1	1	0.66666666666667
TSS_+2500	0.56070087609512	0.60515873015873	0.55790043290043	0.51991150442478	0.66666666666667	0.71607142857143	0.81985294117647	0.54166666666667	0.73737373737374	0.65625	0.71428571428571	0.61111111111111	0.725	0.575	0.51666666666667	0.66666666666667	0.52488687782805	0.72	0.67479674796748	0.72727272727273	0.56818181818182	1	0.7625	0.53846153846154	0.8	0.51648351648352	0.59340659340659	0.72727272727273	1	0.78125	1	1
TSS_+3500	0.51814768460576	0.55952380952381	0.54004329004329	0.50101401179941	0.94444444444444	0.72142857142857	0.79963235294118	0.54166666666667	0.75252525252525	0.6328125	0.53571428571429	0.5	0.69375	0.625	0.51969696969697	0.6969696969697	0.53393665158371	0.8	0.67479674796748	0.54545454545455	0.52272727272727	1	0.76875	0.54907161803714	0.8	0.54945054945055	0.6043956043956	0.68686868686869	1	0.53125	1	1
TSS_+4500	0.52941176470588	0.59722222222222	0.51623376623377	0.51926622418879	0.77777777777778	0.73928571428571	0.84007352941176	0.54166666666667	0.74747474747475	0.5703125	0.57142857142857	0.66666666666667	0.6375	0.61875	0.54242424242424	0.62626262626263	0.57013574660633	0.84	0.67479674796748	0.63636363636364	0.63636363636364	1	0.75833333333333	0.52254641909814	0.7	0.56043956043956	0.74725274725275	0.80808080808081	1	0.625	1	1
MAP_PE_con_no_mapping																		0.76	0.75609756097561	0.68181818181818	0.90909090909091	1	1	0.67771883289125		1	0.63736263736264	0.97979797979798	1	0.71875	1	0.54166666666667
MAP_PE_con_uniquely																		0.72	0.84552845528455	0.72727272727273	0.75	1	1	0.60610079575597		0.97802197802198	0.63736263736264	0.97979797979798	1	0.6875	1	1
MAP_PE_con_multiple																		0.92	0.6260162601626	0.63636363636364	0.54545454545455	1	1	0.56233421750663		1	0.81318681318681	0.77272727272727	1	0.75	1	1
MAP_PE_dis_uniquely																		0.72	0.98373983739837	0.54545454545455	0.68181818181818	1	0.90833333333333	0.62599469496021		1	0.54945054945055	0.67676767676768	0.8	0.75	0.88888888888889	0.66666666666667
MAP_PE_cod_no_mapping																		0.88	0.96747967479675	0.63636363636364	0.77272727272727	1	1	0.72679045092838		1	0.69230769230769	0.6969696969697	0.6	0.75	1	1
MAP_PE_cod_uniquely																		0.64	0.96747967479675	0.68181818181818	0.75	1	1	0.69761273209549		1	0.59340659340659	0.73737373737374	0.75	0.75	0.66666666666667	0.58333333333333
MAP_PE_cod_multiple																		0.92	0.96747967479675	0.59090909090909	0.77272727272727	1	0.96666666666667	0.71419098143236		1	0.69230769230769	0.63131313131313	0.875	0.75	1	1
MAP_PE_overall																		1	0.85365853658537	0.77272727272727	0.84090909090909	1	1	0.70159151193634		1	0.54945054945055	0.97979797979798	1	0.75	1	0.5

Group B Subsets (ChIP Protein Specificity)

Area under ROC curves for group B subsets in the NGS guidelines. The higher the area, the better the classification.

	human__Control ChIP-seq__single-ended__Control	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K4me1	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K36me3	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K27ac	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K27me3	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K4me3	human__TF ChIP-seq__single-ended__POLR2A	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K9me3	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K4me2	human__TF ChIP-seq__single-ended__CTCF	human__TF ChIP-seq__single-ended__EP300	human__polyA plus RNA-seq__single-ended__nan	human__small RNA-seq__single-ended__nan	human__TF ChIP-seq__single-ended__NR3C1	human__TF ChIP-seq__single-ended__MAX	human__TF ChIP-seq__single-ended__MYC	human__Control ChIP-seq__single-ended__rabbit-IgG-control	human__TF ChIP-seq__single-ended__RELA	human__TF ChIP-seq__single-ended__CHD1	human__TF ChIP-seq__single-ended__RCOR1	human__TF ChIP-seq__single-ended__ELK1	human__TF ChIP-seq__single-ended__JUND	human__TF ChIP-seq__single-ended__MAZ	human__TF ChIP-seq__single-ended__MXI1	human__TF ChIP-seq__single-ended__STAT3	human__TF ChIP-seq__single-ended__BACH1	human__TF ChIP-seq__single-ended__TCF7L2	human__TF ChIP-seq__single-ended__FOS	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K27me3	mouse__Control ChIP-seq__single-ended__Control	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K27ac	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K4me3	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K36me3	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K4me1	mouse__TF ChIP-seq__single-ended__POLR2A	mouse__TF ChIP-seq__single-ended__CTCF	mouse__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K9me3	human__DNase-seq__paired-ended__nan	human__Control ChIP-seq__paired-ended__Control	mouse__DNase-seq__paired-ended__nan
RAW_Basic_Statistics	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_quality	0.77328431372549	0.58333333333333	0.51731601731602	0.6031746031746	0.53947368421053	0.55555555555556	0.83030303030303	0.55555555555556	0.7	0.95161290322581	0.82142857142857	0.54499494438827	0.57438016528926	0.66666666666667	0.91666666666667	0.75	1	0.54545454545455	0.71428571428571	1	0.8	1	1	1	0.63333333333333	0.7	1	0.9	0.78333333333333	0.87719298245614	0.5	0.75714285714286	0.61666666666667	0.66883116883117	0.72222222222222	0.86153846153846	1	0.51470588235294	0.5	0.53571428571429
RAW_Per_tile_sequence_quality	0.5453431372549	0.50925925925926	0.64718614718615	0.54960317460317	0.51754385964912	0.53333333333333	0.60909090909091	0.51515151515152	0.9	0.60483870967742	0.64285714285714	0.55915065722952	0.58264462809917	0.58333333333333	0.60416666666667	0.55555555555556	0.59722222222222	0.77272727272727	0.78571428571429	0.875	0.8	0.625	0.9	0.72727272727273	0.53333333333333	0.8	0.91666666666667	0.65	0.85	0.64473684210526	0.91176470588235	0.51428571428571	0.76666666666667	0.64285714285714	0.63888888888889	0.62820512820513	0.80555555555556	0.66589773164168	0.61188811188811	0.59722222222222
RAW_Per_sequence_quality_scores	0.73529411764706	0.60416666666667	0.50865800865801	0.58333333333333	0.51315789473684	0.55555555555556	0.77575757575758	0.59259259259259	0.63333333333333	0.96774193548387	0.82142857142857	0.54347826086957	0.5702479338843	0.5	0.97916666666667	0.90277777777778	1	0.63636363636364	0.71428571428571	1	0.8	1	1	1	0.66666666666667	0.7	1	0.9	0.83333333333333	0.89035087719298	0.5	0.77142857142857	0.61666666666667	0.64935064935065	0.71527777777778	0.81282051282051	1	0.51470588235294	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_content	0.57598039215686	0.6712962962963	0.59090909090909	0.5	0.57017543859649	0.77407407407407	0.56060606060606	0.57744107744108	0.8	0.80846774193548	0.53571428571429	0.57280080889788	0.5	0.66666666666667	0.53125	0.63194444444444	0.50694444444444	0.54545454545455	0.64285714285714	0.58333333333333	0.61666666666667	0.5625	0.55	0.5	0.8	0.6	0.66666666666667	0.5	0.8	0.60745614035088	0.76470588235294	0.54285714285714	0.69166666666667	0.5974025974026	0.75	0.74102564102564	0.5	0.62745098039216	0.63752913752914	0.66666666666667
RAW_Per_sequence_GC_content	0.58670343137255	0.60185185185185	0.6991341991342	0.6547619047619	0.71052631578947	0.75185185185185	0.57575757575758	0.52861952861953	1	0.54233870967742	0.53571428571429	0.67896865520728	0.51515151515152	0.58333333333333	0.53125	0.58333333333333	0.75	0.68181818181818	0.5	1	0.7	0.6875	0.85	0.63636363636364	0.8	0.65	0.58333333333333	0.95	0.73333333333333	0.64583333333333	0.83333333333333	0.8	0.75	0.68831168831169	0.72916666666667	0.62307692307692	0.75	0.73529411764706	0.5979020979021	0.67318594104308
RAW_Per_base_N_content	0.72610294117647	0.66666666666667	0.68181818181818	0.71031746031746	0.54824561403509	0.55555555555556	0.7	0.50841750841751	0.6	0.95967741935484	0.75	0.54196157735086	0.51515151515152	0.5	0.91666666666667	0.91666666666667	1	0.5	0.71428571428571	1	0.8	0.9375	1	1	1	0.7	0.91666666666667	0.9	0.83333333333333	0.78289473684211	0.55882352941176	0.64285714285714	0.6	0.81818181818182	0.75	0.69230769230769	0.83333333333333	0.51465782391388	0.5	0.5
RAW_Sequence_Length_Distribution	0.52634803921569	0.5	0.5	0.53571428571429	0.5	0.5	0.5	0.5	0.53333333333333	0.5	0.5	0.56521739130435	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.7	0.56578947368421	0.55882352941176	0.6	0.65	0.5	0.5	0.5	0.66666666666667	0.5	0.52564102564103	0.5
RAW_Sequence_Duplication_Levels	0.51225490196078	0.55555555555556	0.54329004329004	0.54960317460317	0.53362573099415	0.64444444444444	0.5	0.5	0.53333333333333	0.57258064516129	0.60714285714286	0.88119312436805	0.5	0.5	0.58333333333333	0.54166666666667	0.5625	0.5	0.5	0.54166666666667	0.5	0.5	1	0.66666666666667	0.63333333333333	0.55	0.5	0.5	0.58333333333333	0.51754385964912	0.83333333333333	0.5	0.70833333333333	0.54545454545455	0.51388888888889	0.5	0.93055555555556	0.67728758169935	0.5	0.61422902494331
RAW_Overrepresented_sequences	0.67156862745098	0.59027777777778	0.56709956709957	0.6031746031746	0.59649122807018	0.62592592592593	0.61515151515152	0.59259259259259	0.7	0.69354838709677	0.78571428571429	0.60111223458038	0.56060606060606	0.72916666666667	0.77083333333333	0.89583333333333	0.94444444444444	0.68181818181818	0.85714285714286	1	1	1	1	0.98484848484848	0.7	0.8	0.83333333333333	0.9	0.9	0.87280701754386	0.74509803921569	0.72142857142857	0.91666666666667	0.87662337662338	0.70833333333333	0.67435897435897	0.98611111111111	0.68084390618993	0.55244755244755	0.59608843537415
RAW_Adapter_Content	0.51470588235294	0.5	0.5	0.5	0.5	0.52222222222222	0.5	0.5	0.5	0.56451612903226	0.5	0.64509605662285	0.89393939393939	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5625	0.5	0.5	0.76792579777009	0.51282051282051	0.54166666666667
RAW_Kmer_Content	0.56433823529412	0.66666666666667	0.59090909090909	0.6468253968254	0.55555555555556	0.51111111111111	0.63333333333333	0.53703703703704	0.5	0.77217741935484	0.60714285714286	0.56521739130435	0.59090909090909	0.5	0.59375	0.5	0.625	0.54545454545455	0.60714285714286	0.66666666666667	0.55	0.625	0.5	0.59090909090909	0.5	0.5	0.5	0.5	0.55	0.52521929824561	0.63725490196078	0.75714285714286	0.50833333333333	0.61688311688312	0.5	0.55897435897436	0.58333333333333	0.5	0.67249417249417	0.5
MAP_SE_no_mapping	0.68075980392157	0.55555555555556	0.58225108225108	0.6547619047619	0.65497076023392	0.59259259259259	0.78181818181818	0.52525252525253	0.66666666666667	0.93548387096774	1	0.74317492416582	0.57300275482094	0.79166666666667	0.91666666666667	1	1	0.81818181818182	0.64285714285714	1	0.9	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.93333333333333	0.96271929824561	0.90196078431373	0.8	0.75	0.96103896103896	0.91666666666667	0.95384615384615	1
MAP_SE_uniquely	0.6421568627451	0.52777777777778	0.6038961038961	0.67857142857143	0.67251461988304	0.6	0.81212121212121	0.64983164983165	0.66666666666667	0.93548387096774	1	0.79676440849343	0.60330578512397	0.58333333333333	0.9375	1	1	0.72727272727273	0.71428571428571	1	0.66666666666667	1	1	1	0.56666666666667	0.5	1	1	0.9	0.97368421052632	0.98039215686275	0.92857142857143	0.88333333333333	0.96103896103896	0.91666666666667	0.93333333333333	1
MAP_SE_multiple	0.73866421568627	0.73611111111111	0.54329004329004	0.59920634920635	0.8859649122807	0.6037037037037	0.62424242424242	0.71212121212121	0.53333333333333	0.92338709677419	0.78571428571429	0.97977755308392	0.56473829201102	0.83333333333333	0.875	1	1	0.90909090909091	0.71428571428571	1	1	1	1	1	0.86666666666667	0.55	1	0.8	0.75	0.86622807017544	0.70588235294118	0.57857142857143	0.65	0.74025974025974	0.83333333333333	0.89230769230769	1
MAP_SE_overall	0.68075980392157	0.55555555555556	0.58225108225108	0.6547619047619	0.65497076023392	0.59259259259259	0.78181818181818	0.52525252525253	0.66666666666667	0.93548387096774	1	0.74317492416582	0.57300275482094	0.79166666666667	0.91666666666667	1	1	0.81818181818182	0.64285714285714	1	0.9	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.93333333333333	0.96271929824561	0.90196078431373	0.8	0.75	0.96103896103896	0.91666666666667	0.95384615384615	1
MAP_MI_no_mapping	0.68075980392157	0.55555555555556	0.58225108225108	0.6547619047619	0.65497076023392	0.59259259259259	0.78181818181818	0.52525252525253	0.66666666666667	0.93548387096774	1	0.74317492416582	0.57300275482094	0.79166666666667	0.91666666666667	1	1	0.81818181818182	0.64285714285714	1	0.9	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.93333333333333	0.96271929824561	0.90196078431373	0.8	0.75	0.96103896103896	0.91666666666667	0.95384615384615	1	0.79575163398693	0.58974358974359	0.74716553287982
MAP_MI_uniquely	0.6421568627451	0.52777777777778	0.6038961038961	0.67857142857143	0.67251461988304	0.6	0.81212121212121	0.64983164983165	0.66666666666667	0.93548387096774	1	0.79676440849343	0.60330578512397	0.58333333333333	0.9375	1	1	0.72727272727273	0.71428571428571	1	0.66666666666667	1	1	1	0.56666666666667	0.5	1	1	0.9	0.97368421052632	0.98039215686275	0.92857142857143	0.88333333333333	0.96103896103896	0.91666666666667	0.93333333333333	1	0.75860246059208	0.79487179487179	0.7624716553288
MAP_MI_multiple	0.73866421568627	0.73611111111111	0.54329004329004	0.59920634920635	0.8859649122807	0.6037037037037	0.62424242424242	0.71212121212121	0.53333333333333	0.92338709677419	0.78571428571429	0.97977755308392	0.56473829201102	0.83333333333333	0.875	1	1	0.90909090909091	0.71428571428571	1	1	1	1	1	0.86666666666667	0.55	1	0.8	0.75	0.86622807017544	0.70588235294118	0.57857142857143	0.65	0.74025974025974	0.83333333333333	0.89230769230769	1	0.79219530949635	0.74358974358974	0.5890022675737
MAP_MI_overall	0.68075980392157	0.55555555555556	0.58225108225108	0.6547619047619	0.65497076023392	0.59259259259259	0.78181818181818	0.52525252525253	0.66666666666667	0.93548387096774	1	0.74317492416582	0.57300275482094	0.79166666666667	0.91666666666667	1	1	0.81818181818182	0.64285714285714	1	0.9	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.93333333333333	0.96271929824561	0.90196078431373	0.8	0.75	0.96103896103896	0.91666666666667	0.95384615384615	1	0.81146674356017	0.61771561771562	0.74178004535147
LOC_Promoter	0.52328431372549	0.50925925925926	0.52380952380952	0.8968253968254	0.57602339181287	0.51851851851852	0.93939393939394	0.74074074074074	0.8	0.63306451612903	0.78571428571429	0.70070778564206	0.57575757575758	0.70833333333333	0.75	0.5	0.625	0.63636363636364	0.57142857142857	0.66666666666667	0.8	0.75	1	0.66666666666667	0.8	0.7	0.5	0.8	0.96666666666667	0.65570175438596	1	0.8	0.95	0.54545454545455	0.54166666666667	0.60512820512821	0.97222222222222	0.77306805074971	0.72727272727273	0.96315192743764
LOC_5_UTR	0.52512254901961	0.53240740740741	0.53679653679654	0.8968253968254	0.57602339181287	0.52592592592593	0.8969696969697	0.6969696969697	0.8	0.55645161290323	0.71428571428571	0.84024266936299	0.64738292011019	0.75	0.72916666666667	0.55555555555556	0.56944444444444	0.54545454545455	0.64285714285714	0.5	0.8	0.8125	0.9	0.63636363636364	0.56666666666667	0.7	0.5	0.75	0.96666666666667	0.53508771929825	0.94117647058824	0.86428571428571	0.96666666666667	0.58441558441558	0.51388888888889	0.50769230769231	0.63888888888889	0.73510188389081	0.78554778554779	0.92687074829932
LOC_3_UTR	0.53186274509804	0.59722222222222	0.72727272727273	0.5952380952381	0.68713450292398	0.65925925925926	0.55151515151515	0.76430976430976	1	0.6491935483871	0.64285714285714	0.51971688574317	0.79338842975207	0.79166666666667	0.875	0.65277777777778	0.66666666666667	0.81818181818182	0.71428571428571	1	0.53333333333333	1	0.6	0.87878787878788	1	0.5	0.66666666666667	0.6	0.86666666666667	0.5	0.72549019607843	0.57142857142857	0.86666666666667	0.64935064935065	0.72222222222222	0.53846153846154	1	0.54094579008074	0.74125874125874	0.7046485260771
LOC_1st_Exon	0.54963235294118	0.56018518518519	0.53246753246753	0.87698412698413	0.51169590643275	0.53333333333333	0.93333333333333	0.68013468013468	0.73333333333333	0.58870967741935	0.71428571428571	0.60364004044489	0.6198347107438	0.54166666666667	0.77083333333333	0.58333333333333	0.5	0.72727272727273	0.64285714285714	0.66666666666667	0.63333333333333	0.8125	0.9	0.66666666666667	0.6	0.8	0.58333333333333	0.7	0.96666666666667	0.59210526315789	0.98039215686275	0.88571428571429	1	0.58441558441558	0.51388888888889	0.50769230769231	0.63888888888889	0.70895809304114	0.70862470862471	0.8656462585034
LOC_Other_Exon	0.55147058823529	0.57407407407407	0.62337662337662	0.74603174603175	0.60233918128655	0.55555555555556	0.61818181818182	0.73737373737374	0.86666666666667	0.78629032258065	0.57142857142857	0.90192113245703	0.66115702479339	0.625	0.89583333333333	0.68055555555556	0.52777777777778	0.72727272727273	0.57142857142857	0.91666666666667	0.86666666666667	0.9375	0.7	0.51515151515152	0.7	0.8	0.66666666666667	0.6	0.96666666666667	0.74561403508772	0.86274509803922	0.95	0.96666666666667	0.7012987012987	0.79166666666667	0.60512820512821	0.61111111111111	0.64753940792003	0.75757575757576	0.83786848072562
LOC_1st_Intron	0.55330882352941	0.61111111111111	0.52380952380952	0.82936507936508	0.70175438596491	0.60740740740741	0.85454545454545	0.65656565656566	1	0.66935483870968	0.57142857142857	0.57431749241658	0.56749311294766	0.625	0.72916666666667	0.68055555555556	0.65277777777778	0.81818181818182	0.78571428571429	0.75	0.76666666666667	0.9375	0.8	0.66666666666667	0.63333333333333	0.6	0.91666666666667	0.7	0.9	0.50877192982456	1	0.8	0.73333333333333	0.7012987012987	0.75	0.51794871794872	1	0.57170319108035	0.52680652680653	0.84580498866213
LOC_Other_Intron	0.50919117647059	0.70833333333333	0.72727272727273	0.75793650793651	0.66959064327485	0.57037037037037	0.88484848484848	0.71043771043771	0.73333333333333	0.73790322580645	0.92857142857143	0.63902932254803	0.71900826446281	0.66666666666667	0.66666666666667	0.59722222222222	0.54166666666667	0.72727272727273	1	0.58333333333333	0.56666666666667	0.75	1	0.78787878787879	0.8	0.8	0.5	0.7	0.7	0.54605263157895	0.6078431372549	0.79285714285714	0.91666666666667	0.80519480519481	0.75	0.52307692307692	1	0.73750480584391	0.5034965034965	0.79818594104308
LOC_Downstream	0.50735294117647	0.50462962962963	0.5021645021645	0.62301587301587	0.58771929824561	0.68148148148148	0.73939393939394	0.7979797979798	0.86666666666667	0.51612903225806	0.85714285714286	0.62386248736097	0.71625344352617	0.625	0.75	0.56944444444444	0.65277777777778	0.81818181818182	0.57142857142857	0.66666666666667	0.63333333333333	0.8125	1	0.66666666666667	0.56666666666667	0.8	0.75	0.85	1	0.53508771929825	0.70588235294118	0.83571428571429	0.9	0.51948051948052	0.59722222222222	0.51282051282051	0.66666666666667	0.67781622452903	0.58275058275058	0.74659863945578
LOC_Distal_Intergenic	0.5484068627451	0.51851851851852	0.64502164502165	0.91666666666667	0.69005847953216	0.51111111111111	0.83030303030303	0.73400673400673	0.86666666666667	0.68145161290323	0.78571428571429	0.8685540950455	0.60330578512397	0.66666666666667	0.8125	0.55555555555556	0.52777777777778	0.72727272727273	0.71428571428571	0.66666666666667	0.8	0.75	0.8	0.51515151515152	0.5	0.8	0.75	0.6	0.9	0.51973684210526	1	0.82857142857143	1	0.72727272727273	0.59722222222222	0.51282051282051	1	0.72606689734717	0.59440559440559	0.97108843537415
TSS_-4500	0.53799019607843	0.56944444444444	0.51515151515152	0.5734126984127	0.7046783625731	0.5037037037037	0.70606060606061	0.71717171717172	0.8	0.58870967741935	0.85714285714286	0.71688574317492	0.71074380165289	0.91666666666667	0.6875	0.59722222222222	0.65277777777778	0.63636363636364	0.64285714285714	0.83333333333333	0.7	0.875	0.9	0.66666666666667	0.8	0.6	0.75	0.65	0.75	0.5109649122807	0.63725490196078	0.83214285714286	0.88333333333333	0.55844155844156	0.72222222222222	0.54871794871795	0.97222222222222	0.58073817762399	0.70862470862471	0.56349206349206
TSS_-3500	0.55147058823529	0.56481481481481	0.53030303030303	0.51190476190476	0.66081871345029	0.5037037037037	0.68484848484848	0.71380471380471	0.93333333333333	0.57258064516129	0.85714285714286	0.64812942366026	0.82093663911846	0.875	0.64583333333333	0.65277777777778	0.59722222222222	0.81818181818182	0.78571428571429	0.75	0.63333333333333	0.8125	1	0.66666666666667	0.9	0.6	0.91666666666667	0.6	0.88333333333333	0.78728070175439	0.6078431372549	0.78571428571429	0.78333333333333	0.55844155844156	0.68055555555556	0.58974358974359	1	0.55810265282584	0.68298368298368	0.5391156462585
TSS_-2500	0.51654411764706	0.62037037037037	0.54978354978355	0.6031746031746	0.64327485380117	0.54814814814815	0.6969696969697	0.68013468013468	1	0.56451612903226	1	0.6046511627907	0.70798898071625	0.79166666666667	0.77083333333333	0.63888888888889	0.68055555555556	0.81818181818182	0.64285714285714	0.75	0.8	0.8125	0.9	0.75757575757576	0.8	0.6	0.83333333333333	0.6	0.88333333333333	0.51535087719298	0.64705882352941	0.8	0.73333333333333	0.62337662337662	0.65277777777778	0.55384615384615	0.58333333333333	0.51850249903883	0.67832167832168	0.61904761904762
TSS_-1500	0.51225490196078	0.69444444444444	0.57575757575758	0.76984126984127	0.61988304093567	0.54074074074074	0.69090909090909	0.66329966329966	1	0.53629032258065	0.78571428571429	0.50758341759353	0.58126721763085	0.79166666666667	0.72916666666667	0.59722222222222	0.61111111111111	0.81818181818182	0.78571428571429	0.75	0.73333333333333	0.8125	1	0.72727272727273	0.8	0.7	0.75	0.6	0.9	0.59868421052632	0.80392156862745	0.5	0.6	0.61038961038961	0.55555555555556	0.53333333333333	0.52777777777778	0.60351787773933	0.7039627039627	0.79365079365079
TSS_-500	0.51838235294118	0.65277777777778	0.65800865800866	0.89285714285714	0.54385964912281	0.56296296296296	0.95151515151515	0.70707070707071	0.8	0.68145161290323	0.78571428571429	0.82305358948433	0.71074380165289	0.75	0.75	0.5	0.56944444444444	0.72727272727273	0.64285714285714	0.58333333333333	0.86666666666667	0.75	1	0.63636363636364	0.8	0.6	0.5	0.85	0.88333333333333	0.71271929824561	1	0.78571428571429	0.71666666666667	0.66233766233766	0.59722222222222	0.51282051282051	1	0.79209919261822	0.81818181818182	0.94784580498866
TSS_+500	0.52083333333333	0.53240740740741	0.64502164502165	0.88095238095238	0.5672514619883	0.54074074074074	0.93333333333333	0.65993265993266	0.8	0.72983870967742	0.85714285714286	0.8432760364004	0.68044077134986	0.75	0.72916666666667	0.5	0.58333333333333	0.63636363636364	0.64285714285714	0.75	0.8	0.75	1	0.66666666666667	0.6	0.6	0.5	0.85	0.61666666666667	0.61184210526316	0.90196078431373	0.84285714285714	0.7	0.74025974025974	0.63888888888889	0.66666666666667	1	0.77210688196847	0.81118881118881	0.87471655328798
TSS_+1500	0.50980392156863	0.66666666666667	0.53679653679654	0.8531746031746	0.53216374269006	0.54814814814815	0.78787878787879	0.72390572390572	0.86666666666667	0.53024193548387	0.85714285714286	0.78361981799798	0.84022038567493	0.54166666666667	0.75	0.56944444444444	0.66666666666667	0.81818181818182	0.5	0.75	0.76666666666667	0.75	0.9	0.60606060606061	0.63333333333333	0.8	0.58333333333333	0.6	0.9	0.67543859649123	0.76470588235294	0.74285714285714	0.55	0.64935064935065	0.65277777777778	0.59487179487179	1	0.70511341791619	0.72960372960373	0.83786848072562
TSS_+2500	0.50061274509804	0.68518518518519	0.54112554112554	0.74206349206349	0.58479532163743	0.59259259259259	0.63636363636364	0.71043771043771	1	0.59677419354839	0.85714285714286	0.7098078867543	0.71349862258953	0.83333333333333	0.85416666666667	0.61111111111111	0.625	0.81818181818182	0.64285714285714	0.83333333333333	0.76666666666667	0.9375	0.8	0.75757575757576	0.8	0.6	0.75	0.6	0.91666666666667	0.71052631578947	0.6078431372549	0.57857142857143	0.86666666666667	0.58441558441558	0.51388888888889	0.65641025641026	0.80555555555556	0.53883121876201	0.73426573426573	0.7375283446712
TSS_+3500	0.50398284313725	0.64814814814815	0.56709956709957	0.70634920634921	0.54970760233918	0.58518518518519	0.50909090909091	0.71380471380471	1	0.63709677419355	0.71428571428571	0.77300303336704	0.71074380165289	0.875	0.75	0.625	0.70833333333333	0.81818181818182	0.92857142857143	0.83333333333333	0.73333333333333	0.9375	0.9	0.60606060606061	0.55	0.5	0.66666666666667	0.7	0.91666666666667	0.56469298245614	0.56862745098039	0.50714285714286	0.93333333333333	0.57142857142857	0.63888888888889	0.74358974358974	0.97222222222222	0.52729719338716	0.6969696969697	0.71003401360544
TSS_+4500	0.52267156862745	0.60648148148148	0.58441558441558	0.68253968253968	0.53216374269006	0.54074074074074	0.51515151515152	0.72727272727273	1	0.62096774193548	0.64285714285714	0.64509605662285	0.74931129476584	0.91666666666667	0.6875	0.66666666666667	0.72222222222222	0.81818181818182	0.71428571428571	0.83333333333333	0.66666666666667	0.875	0.8	0.72727272727273	0.6	0.5	0.58333333333333	0.7	0.9	0.51754385964912	0.70588235294118	0.61428571428571	0.96666666666667	0.67532467532468	0.77777777777778	0.63589743589744	0.80555555555556	0.54224336793541	0.66666666666667	0.69387755102041
MAP_PE_con_no_mapping																																						0.79575163398693	0.58974358974359	0.74716553287982
MAP_PE_con_uniquely																																						0.75860246059208	0.79487179487179	0.7624716553288
MAP_PE_con_multiple																																						0.79219530949635	0.74358974358974	0.5890022675737
MAP_PE_dis_uniquely																																						0.67541330257593	0.73659673659674	0.61507936507937
MAP_PE_cod_no_mapping																																						0.7873414071511	0.50582750582751	0.58446712018141
MAP_PE_cod_uniquely																																						0.81905997693195	0.58974358974359	0.61111111111111
MAP_PE_cod_multiple																																						0.73539023452518	0.63636363636364	0.59467120181406
MAP_PE_overall																																						0.81146674356017	0.61771561771562	0.74178004535147

Group C Subsets (ChIP Antibody Specificity)

Area under ROC curves for group C subsets in the NGS guidelines. The higher the area, the better the classification.

	human__Control ChIP-seq__single-ended__Control__nan	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K4me1__ENCAB000ADW	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K36me3__ENCAB000ADU	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K27me3__ENCAB000ANB	human__polyA plus RNA-seq__single-ended__nan__nan	human__small RNA-seq__single-ended__nan__nan	human__TF ChIP-seq__single-ended__MAX__ENCAB000AIL	human__TF ChIP-seq__single-ended__POLR2A__ENCAB000AOC	human__TF ChIP-seq__single-ended__MYC__ENCAB000AET	human__Control ChIP-seq__single-ended__rabbit-IgG-control__ENCAB000AOJ	human__TF ChIP-seq__single-ended__RELA__ENCAB000AJG	human__TF ChIP-seq__single-ended__JUND__ENCAB000AID	human__TF ChIP-seq__single-ended__MAZ__ENCAB000AIM	human__TF ChIP-seq__single-ended__MXI1__ENCAB000AIT	human__TF ChIP-seq__single-ended__STAT3__ENCAB000ALH	human__TF ChIP-seq__single-ended__BACH1__ENCAB000AEA	human__TF ChIP-seq__single-ended__TCF7L2__ENCAB000AOA	human__TF ChIP-seq__single-ended__FOS__ENCAB000AEQ	mouse__Control ChIP-seq__single-ended__Control__nan	mouse__TF ChIP-seq__single-ended__POLR2A__ENCAB281FBQ	mouse__TF ChIP-seq__single-ended__CTCF__ENCAB210NHK	human__Histone ChIP-seq__single-ended__H3K27ac__ENCAB000AQN	human__DNase-seq__paired-ended__nan__nan	human__Control ChIP-seq__paired-ended__Control__nan	mouse__DNase-seq__paired-ended__nan__nan
RAW_Basic_Statistics	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_quality	0.77328431372549	0.55	0.54705882352941	0.7	0.54499494438827	0.57438016528926	0.91666666666667	0.93333333333333	0.75	1	0.54545454545455	1	1	1	0.63333333333333	0.7	1	0.9	0.85833333333333	0.6875	0.83333333333333	0.66666666666667	0.51470588235294	0.5	0.53571428571429
RAW_Per_tile_sequence_quality	0.5453431372549	0.5875	0.60588235294118	0.65	0.55915065722952	0.58264462809917	0.60416666666667	0.65	0.55555555555556	0.59722222222222	0.77272727272727	0.625	0.9	0.72727272727273	0.53333333333333	0.8	0.9	0.65	0.70277777777778	0.65625	0.75396825396825	0.61904761904762	0.66589773164168	0.61188811188811	0.59722222222222
RAW_Per_sequence_quality_scores	0.73529411764706	0.6375	0.61764705882353	0.65	0.54347826086957	0.5702479338843	0.97916666666667	0.96666666666667	0.90277777777778	1	0.63636363636364	1	1	1	0.66666666666667	0.7	1	0.9	0.87222222222222	0.66666666666667	0.8015873015873	0.5	0.51470588235294	0.5	0.5
RAW_Per_base_sequence_content	0.57598039215686	0.75	0.58235294117647	0.85	0.57280080889788	0.5	0.53125	0.66666666666667	0.63194444444444	0.50694444444444	0.54545454545455	0.5625	0.55	0.5	0.8	0.6	0.65	0.5	0.59444444444444	0.88541666666667	1	0.51190476190476	0.62745098039216	0.63752913752914	0.66666666666667
RAW_Per_sequence_GC_content	0.58670343137255	0.675	0.53529411764706	0.65	0.67896865520728	0.51515151515152	0.53125	0.58333333333333	0.58333333333333	0.75	0.68181818181818	0.6875	0.85	0.63636363636364	0.8	0.65	0.55	0.95	0.60555555555556	0.625	0.58730158730159	0.57142857142857	0.73529411764706	0.5979020979021	0.67318594104308
RAW_Per_base_N_content	0.72610294117647	0.625	0.64117647058824	0.6	0.54196157735086	0.51515151515152	0.91666666666667	0.98333333333333	0.91666666666667	1	0.5	0.9375	1	1	1	0.7	0.95	0.9	0.74166666666667	0.66666666666667	0.57142857142857	0.66666666666667	0.51465782391388	0.5	0.5
RAW_Sequence_Length_Distribution	0.52634803921569	0.5	0.5	0.5	0.56521739130435	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.56944444444444	0.5	0.5	0.58333333333333	0.5	0.52564102564103	0.5
RAW_Sequence_Duplication_Levels	0.51225490196078	0.5	0.55882352941176	1	0.88119312436805	0.5	0.58333333333333	0.6	0.54166666666667	0.5625	0.5	0.5	1	0.66666666666667	0.63333333333333	0.55	0.5	0.5	0.55833333333333	0.53125	0.5	0.57142857142857	0.67728758169935	0.5	0.61422902494331
RAW_Overrepresented_sequences	0.67156862745098	0.55	0.52941176470588	0.6	0.60111223458038	0.56060606060606	0.77083333333333	0.86666666666667	0.89583333333333	0.94444444444444	0.68181818181818	1	1	0.98484848484848	0.7	0.8	0.8	0.9	0.85555555555556	0.625	0.54761904761905	0.78571428571429	0.68084390618993	0.55244755244755	0.59608843537415
RAW_Adapter_Content	0.51470588235294	0.5	0.5	0.5	0.64509605662285	0.89393939393939	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.58333333333333	0.5	0.5	0.76792579777009	0.51282051282051	0.54166666666667
RAW_Kmer_Content	0.56433823529412	0.5	0.5	0.5	0.56521739130435	0.59090909090909	0.59375	0.63333333333333	0.5	0.625	0.54545454545455	0.625	0.5	0.59090909090909	0.5	0.5	0.5	0.5	0.55416666666667	0.5	0.66666666666667	0.5	0.5	0.67249417249417	0.5
MAP_SE_no_mapping	0.68075980392157	0.825	0.73529411764706	0.6	0.74317492416582	0.57300275482094	0.91666666666667	0.96666666666667	1	1	0.81818181818182	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.95555555555556	0.91666666666667	1	0.73809523809524
MAP_SE_uniquely	0.6421568627451	0.875	0.72352941176471	0.6	0.79676440849343	0.60330578512397	0.9375	0.96666666666667	1	1	0.72727272727273	1	1	1	0.56666666666667	0.5	1	1	0.96944444444444	0.89583333333333	1	0.9047619047619
MAP_SE_multiple	0.73866421568627	0.6	0.52352941176471	0.9	0.97977755308392	0.56473829201102	0.875	0.96666666666667	1	1	0.90909090909091	1	1	1	0.86666666666667	0.55	1	0.8	0.84166666666667	0.8125	1	0.97619047619048
MAP_SE_overall	0.68075980392157	0.825	0.73529411764706	0.6	0.74317492416582	0.57300275482094	0.91666666666667	0.96666666666667	1	1	0.81818181818182	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.95555555555556	0.91666666666667	1	0.73809523809524
MAP_MI_no_mapping	0.68075980392157	0.825	0.73529411764706	0.6	0.74317492416582	0.57300275482094	0.91666666666667	0.96666666666667	1	1	0.81818181818182	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.95555555555556	0.91666666666667	1	0.73809523809524	0.79575163398693	0.58974358974359	0.74716553287982
MAP_MI_uniquely	0.6421568627451	0.875	0.72352941176471	0.6	0.79676440849343	0.60330578512397	0.9375	0.96666666666667	1	1	0.72727272727273	1	1	1	0.56666666666667	0.5	1	1	0.96944444444444	0.89583333333333	1	0.9047619047619	0.75860246059208	0.79487179487179	0.7624716553288
MAP_MI_multiple	0.73866421568627	0.6	0.52352941176471	0.9	0.97977755308392	0.56473829201102	0.875	0.96666666666667	1	1	0.90909090909091	1	1	1	0.86666666666667	0.55	1	0.8	0.84166666666667	0.8125	1	0.97619047619048	0.79219530949635	0.74358974358974	0.5890022675737
MAP_MI_overall	0.68075980392157	0.825	0.73529411764706	0.6	0.74317492416582	0.57300275482094	0.91666666666667	0.96666666666667	1	1	0.81818181818182	1	1	1	0.53333333333333	0.5	1	1	0.95555555555556	0.91666666666667	1	0.73809523809524	0.81146674356017	0.61771561771562	0.74178004535147
LOC_Promoter	0.52328431372549	0.7	0.72941176470588	1	0.70070778564206	0.57575757575758	0.75	0.66666666666667	0.5	0.625	0.63636363636364	0.75	1	0.66666666666667	0.8	0.7	0.6	0.8	0.65277777777778	0.52083333333333	0.58730158730159	0.97619047619048	0.77306805074971	0.72727272727273	0.96315192743764
LOC_5_UTR	0.52512254901961	0.5	0.69411764705882	1	0.84024266936299	0.64738292011019	0.72916666666667	0.56666666666667	0.55555555555556	0.56944444444444	0.54545454545455	0.8125	0.9	0.63636363636364	0.56666666666667	0.7	0.6	0.75	0.53333333333333	0.5625	0.52380952380952	0.97619047619048	0.73510188389081	0.78554778554779	0.92687074829932
LOC_3_UTR	0.53186274509804	0.8	0.76470588235294	1	0.51971688574317	0.79338842975207	0.875	0.76666666666667	0.65277777777778	0.66666666666667	0.81818181818182	1	0.6	0.87878787878788	1	0.5	0.6	0.6	0.52777777777778	0.77083333333333	0.55555555555556	0.92857142857143	0.54094579008074	0.74125874125874	0.7046485260771
LOC_1st_Exon	0.54963235294118	0.875	0.72941176470588	1	0.60364004044489	0.6198347107438	0.77083333333333	0.66666666666667	0.58333333333333	0.5	0.72727272727273	0.8125	0.9	0.66666666666667	0.6	0.8	0.5	0.7	0.60555555555556	0.5625	0.50793650793651	0.97619047619048	0.70895809304114	0.70862470862471	0.8656462585034
LOC_Other_Exon	0.55147058823529	0.725	0.68235294117647	1	0.90192113245703	0.66115702479339	0.89583333333333	0.83333333333333	0.68055555555556	0.52777777777778	0.72727272727273	0.9375	0.7	0.51515151515152	0.7	0.8	0.6	0.6	0.72777777777778	0.75	0.65079365079365	0.9047619047619	0.64753940792003	0.75757575757576	0.83786848072562
LOC_1st_Intron	0.55330882352941	0.575	0.62352941176471	1	0.57431749241658	0.56749311294766	0.72916666666667	0.8	0.68055555555556	0.65277777777778	0.81818181818182	0.9375	0.8	0.66666666666667	0.63333333333333	0.6	1	0.7	0.57222222222222	0.72916666666667	0.52380952380952	0.95238095238095	0.57170319108035	0.52680652680653	0.84580498866213
LOC_Other_Intron	0.50919117647059	0.725	0.68235294117647	1	0.63902932254803	0.71900826446281	0.66666666666667	0.6	0.59722222222222	0.54166666666667	0.72727272727273	0.75	1	0.78787878787879	0.8	0.8	0.5	0.7	0.50833333333333	0.70833333333333	0.65079365079365	0.76190476190476	0.73750480584391	0.5034965034965	0.79818594104308
LOC_Downstream	0.50735294117647	0.775	0.68235294117647	1	0.62386248736097	0.71625344352617	0.75	0.53333333333333	0.56944444444444	0.65277777777778	0.81818181818182	0.8125	1	0.66666666666667	0.56666666666667	0.8	0.7	0.85	0.52777777777778	0.70833333333333	0.61904761904762	0.54761904761905	0.67781622452903	0.58275058275058	0.74659863945578
LOC_Distal_Intergenic	0.5484068627451	0.8	0.70588235294118	1	0.8685540950455	0.60330578512397	0.8125	0.73333333333333	0.55555555555556	0.52777777777778	0.72727272727273	0.75	0.8	0.51515151515152	0.5	0.8	0.9	0.6	0.525	0.6875	0.52380952380952	0.97619047619048	0.72606689734717	0.59440559440559	0.97108843537415
TSS_-4500	0.53799019607843	0.7	0.67058823529412	1	0.71688574317492	0.71074380165289	0.6875	0.51666666666667	0.59722222222222	0.65277777777778	0.63636363636364	0.875	0.9	0.66666666666667	0.8	0.6	0.7	0.65	0.58611111111111	0.72916666666667	0.50793650793651	0.5952380952381	0.58073817762399	0.70862470862471	0.56349206349206
TSS_-3500	0.55147058823529	0.675	0.65294117647059	1	0.64812942366026	0.82093663911846	0.64583333333333	0.56666666666667	0.65277777777778	0.59722222222222	0.81818181818182	0.8125	1	0.66666666666667	0.9	0.6	0.9	0.6	0.75277777777778	0.64583333333333	0.73015873015873	0.73809523809524	0.55810265282584	0.68298368298368	0.5391156462585
TSS_-2500	0.51654411764706	0.75	0.62352941176471	1	0.6046511627907	0.70798898071625	0.77083333333333	0.6	0.63888888888889	0.68055555555556	0.81818181818182	0.8125	0.9	0.75757575757576	0.8	0.6	0.8	0.6	0.525	0.66666666666667	0.68253968253968	0.80952380952381	0.51850249903883	0.67832167832168	0.61904761904762
TSS_-1500	0.51225490196078	0.775	0.63529411764706	1	0.50758341759353	0.58126721763085	0.72916666666667	0.56666666666667	0.59722222222222	0.61111111111111	0.81818181818182	0.8125	1	0.72727272727273	0.8	0.7	0.7	0.6	0.6	0.70833333333333	0.66666666666667	0.95238095238095	0.60351787773933	0.7039627039627	0.79365079365079
TSS_-500	0.51838235294118	0.65	0.50588235294118	1	0.82305358948433	0.71074380165289	0.75	0.73333333333333	0.5	0.56944444444444	0.72727272727273	0.75	1	0.63636363636364	0.8	0.6	0.6	0.85	0.73055555555556	0.5625	0.52380952380952	0.97619047619048	0.79209919261822	0.81818181818182	0.94784580498866
TSS_+500	0.52083333333333	0.65	0.52941176470588	1	0.8432760364004	0.68044077134986	0.72916666666667	0.63333333333333	0.5	0.58333333333333	0.63636363636364	0.75	1	0.66666666666667	0.6	0.6	0.6	0.85	0.68611111111111	0.625	0.84126984126984	0.97619047619048	0.77210688196847	0.81118881118881	0.87471655328798
TSS_+1500	0.50980392156863	0.675	0.67058823529412	1	0.78361981799798	0.84022038567493	0.75	0.6	0.56944444444444	0.66666666666667	0.81818181818182	0.75	0.9	0.60606060606061	0.63333333333333	0.8	0.7	0.6	0.64166666666667	0.625	0.73015873015873	0.95238095238095	0.70511341791619	0.72960372960373	0.83786848072562
TSS_+2500	0.50061274509804	0.775	0.70588235294118	1	0.7098078867543	0.71349862258953	0.85416666666667	0.53333333333333	0.61111111111111	0.625	0.81818181818182	0.9375	0.8	0.75757575757576	0.8	0.6	0.7	0.6	0.68055555555556	0.54166666666667	0.85714285714286	0.92857142857143	0.53883121876201	0.73426573426573	0.7375283446712
TSS_+3500	0.50398284313725	0.8	0.74117647058824	1	0.77300303336704	0.71074380165289	0.75	0.53333333333333	0.625	0.70833333333333	0.81818181818182	0.9375	0.9	0.60606060606061	0.55	0.5	0.6	0.7	0.65833333333333	0.58333333333333	0.93650793650794	0.92857142857143	0.52729719338716	0.6969696969697	0.71003401360544
TSS_+4500	0.52267156862745	0.75	0.72941176470588	1	0.64509605662285	0.74931129476584	0.6875	0.66666666666667	0.66666666666667	0.72222222222222	0.81818181818182	0.875	0.8	0.72727272727273	0.6	0.5	0.5	0.7	0.50555555555556	0.77083333333333	0.74603174603175	0.92857142857143	0.54224336793541	0.66666666666667	0.69387755102041
MAP_PE_con_no_mapping																							0.79575163398693	0.58974358974359	0.74716553287982
MAP_PE_con_uniquely																							0.75860246059208	0.79487179487179	0.7624716553288
MAP_PE_con_multiple																							0.79219530949635	0.74358974358974	0.5890022675737
MAP_PE_dis_uniquely																							0.67541330257593	0.73659673659674	0.61507936507937
MAP_PE_cod_no_mapping																							0.7873414071511	0.50582750582751	0.58446712018141
MAP_PE_cod_uniquely																							0.81905997693195	0.58974358974359	0.61111111111111
MAP_PE_cod_multiple																							0.73539023452518	0.63636363636364	0.59467120181406
MAP_PE_overall																							0.81146674356017	0.61771561771562	0.74178004535147